在各类水体（如饮用水，地表水，河流水，废水）有机物测量中TOC常被作为水质测定的特征指数。有机碳可以变为有害环境的化合物，并会耗尽水中的氧气。

这些样品中通常会带有大量的不溶颗粒物，如沉淀物。在TOC测试时需要被计算进去。国际标准 EN 1484 和 ISO 8245 提供了一种方法去验证不完全溶解样品成分（颗粒物<100μm）的均质化和回收，也称为“回收率测试”。